黒船来航で町が大騒ぎの中、近藤と土方は井上や沖田と共に検問をかいくぐり黒船を見るために海辺へ。そこで出会った原田と永倉、そして近藤の道場「試衛館」にやってきた山南と藤堂らと、異国からこの国を守るため、共に誠の武士になり立ちあがろうと誓いあう。
浪士組として京に上った彼らは、会津藩のお抱えの「新選組」となり、隊をぬければ切腹という「局中法度」を設ける。しかし近藤らのやり方に意を唱え山南は脱走。近藤と土方に「誠の武士」とは何かを問いかけ命を落とす。
やがて近藤と土方は、会津藩松平容保公から信任を得て力を持ち始めるが、討幕の動きは加速し徳川慶喜は大政を奉還。新選組は守るべき幕府を失うが、容保を誠の主君とし新政府軍に戦いを挑む。しかし鳥羽伏見の戦いで井上は戦死。沖田も病に倒れ、甲府の戦いのあと永倉と原田も去り、近藤は土方と共に再起を図るが、流山で新政府軍に取り囲まれる…